شناسایی باکتری هایی که شامل گروه کلیفرم هستند گاهی برای تعیین ماهیت آلودگی ضروری است. آزمایشهای افتراقی برای شناسایی باکتریهای فوق باید با این آگاهی انجام گیرد، که تمام سویه های طبقه بندی شده که به گروه کلیفرم نسبت داده شده ضرورتا نمی تواند با تعریف اعلام شده در این دستور کار کاملا مطابقت داشته باشد. زیرا برخی از باکتریها ممکن است لاکتوز را تخمیر نکنند و یا در صورت تخمیر گاز تولید نکنند. علاوه بر این باکتریهای گرم منفی دیگر بجز کلیفرم ها، لاکتوز را تخمیر کرده و روی محیط کشت تولید درخشش می کنند(نظیر گونه های آئروموناس). اما تمام سویه های یک گونه واکنش یکسانی در محیط کشت نخواهند داشت. ارگانیسم ها جهش یافته، صدمه دیده و تغییر پذیر ممکن است به آزمایش ها پاسخ متفاوتی بدهند. هر چند آزمایش های متداول IMViC (یعنی ایندول، متیل رد، وگس پرسکوئر و معرف سیترات) برای تشخیص افتراقی کلیفرم ها مفید است اما شناسایی کاملی را فراهم نکرده و برای دستیابی به نتایج دقیق به آزمایش های بیوشیمیایی بیشتری نیاز است